民國二十三年，本校前身中央航空學校子弟學校正式於杭州筧橋醒村成立。其後因遭逢戰亂，校址幾經播遷，歷杭州、成都、南京而臺北，校園中朗朗高亢的讀書聲不曾間斷，教師十年樹木百年樹人作育英才的努力不曾停歇。

民國三十六年七月，大陸戰烽又起，本校隨政府播遷來台，校址為臺北市懷生國中現址。民國五十六年八月改隸台北市政府，為表彰空軍英雄陳懷生烈士，先總統 蔣公為本校更名為「臺北市大安區懷生國民學校」，首任校長為吳慶寅先生。

民國五十八年三月，本校原校址因興辦懷生國中，所以將校址遷至現址﹝臺北市安東街16巷2號﹞，六十一年十月正式遷入，當時校長為第二任萬家駿先生。其後本校在第三任校長謝竹昌先生、第四任校長萬家駿先生、第五任校長劉永泉先生、第六任校長戴寶蓮女士、第七、八任校長蘇月英女士、第九任校長邱英平女士、第十任校長丁福壽先生，及現任第十一任校長彭惠儀女士努力之下，本校團隊努力耕耘，朝向小而美，精緻而優質的目標。

自一百零七學年度開始，本校自小一開展「雙語實驗教育課程」，正式邁向另一個創新教學的里程碑，期待以中英文並重的模式，結合國際教育，讓孩子能與世界接軌，培養懷生「健康，快樂，合作，卓越」的二十一世紀未來兒童。